Im Ergebnis der Bestandserhebungen zur Umsetzung der Europäischen Wasserahmenrichtlinie (EG-WRRL) wurde der ökologische Zustand des Arendsees mit unbefriedigend bewertet. Maßgeblichen Anteil hatte dabei die Bewertung der Komponente Phytoplankton. In Abhängigkeit von der Witterungslage treten jährlich Massenentwicklungen von Cyanobakterien (Blaualgen) auf. Diese können zeitweise die die Nutzung des Sees als Badegewässer beeinträchtigen, weil sie toxische Stoffe (Cyanotoxine) abgeben. Als weitere Anzeichen einer starken Eutrophierung wurden geringe sommerliche Sichttiefen, Sauerstoffmangel im Tiefenwasser und das Verschwinden der ursprünglichen Unterwasservegetation registriert. Ursache der unerwünschten Eutrophierungserscheinungen ist die seit vielen Jahren zu hohe Konzentration des Nährstoffs Phosphor (P) im Wasserkörper des Arendsees. Diese liegen durchschnittlich bei 200 µgP/L. Das ist fünfmal höher als die tolerierbare P-Konzentration. In den letzten Jahren wurde sogar ein leichter Anstieg beobachtet.
Frühere Versuche einer Sanierung hatten nicht die gewünschte Wirkung. Ohne zusätzliche Maßnahmen kann im Arendsee der geforderte gute ökologische Zustand bis zum Jahr 2015 gemäß den Vorgaben durch die EG-WRRL nicht erreicht werden.